กองกำกับการ 5 กองบังคับการตำรวจน้ำ ก่อตั้งขึ้นพร้อมกับกองบังคับการตำรวจน้ำ เมื่อ พ.ศ.2495 โดยในสมัยนั้นคือ กองกำกับการ 2
กองตำรวจน้ำ จากนั้นตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการของสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548 ได้เปลี่ยนเป็น กองกำกับการ 5 กองบังคับการตำรวจน้ำ จนถึงปัจจุบัน ซึ่งมีที่ตั้งอยู่ที่ 34 ถนนเจิมจอมพล ตำบลศรีราชา จังหวัดชลบุรี